首先需要确定是用什么工艺而产生的硫磺，另需根据每天的产生量而确定处理方法。
1、如果是生物脱硫工艺产生的硫磺，有三种处理方式：（1）量小，可用板框压干后，当做固废处理，一般处理成本在1000元/吨；（2）中等量，如厂区有好氧池，可以直接排向好氧池，与好氧污泥一起处理；（3）大量，可用萃取、融熔的方式将硫磺提纯至商品硫磺，市场销售。
2、湿法脱硫工艺产生的硫磺，由于工艺中用到有机催化剂（萘醌类物质），对微生物有毒性，一般采用上述方法中的（1）、（3），谨慎使用（2）中的处理方法。目前生物脱硫工艺以低运行成本的优势，日益盛行，有取代传统湿法工艺的趋势。